O algodão Bt é obtido por meio da transformação genética de plantas de algodão com genes da bactéria Bacillus thuringiensis os quais promovem a expressão de proteínas com ação inseticida. Estes genes são responsáveis pela produção de proteínas nos tecidos das plantas as quais possuem efeito inseticida sobre alguns tipos de insetos.

Os eventos de algodão Bt disponíveis no mercado brasileiro atualmente protegem as plantas de algodão, em menor ou maior grau, do ataque de espécies de diferentes espécies de insetos-praga.

As proteínas inseticidas produzidas pela bactéria B. thuringiensis já foram extensivamente testadas e apresentam um histórico de uso seguro de mais de 40 anos, iniciado com a utilização de esporos de Bt em formulações microbianas empregadas no controle de pragas. Coletivamente, os estudos com as proteínas de Bt demonstraram a ausência de toxicidade dérmica e oral (aguda, subcrônica ou crônica) associadas com pesticidas mocrobianos.

As proteínas de Bt se ligam à receptores específicos localizados no tubo digestivo médio de insetos suscetíveis. Os mamíferos, inclusive os humanos, são desprovidos desses receptores, assim como os peixes, aves e outros organismos não-alvo e, portanto, estes não são suscetíveis aos efeitos das proteínas do algodão Bt.

Manejo
O plantio de áreas de refúgio tem sido a principal recomendação de Manejo de Resistência de Insetos (MRI) em todos os países em que as culturas Bt têm sido cultivadas. No caso do algodão Bt a recomendação específica do plantio do refúgio é uma função do produto comercial específico, e tem sido responsabilidade das empresas que compõe a indústria de sementes e biotecnologia no Brasil.

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